Новый алгоритм рака выявляет генетические недостатки опухолей

Новый способ выявления опухолей, которые могут быть чувствительны к определенным видам иммунотерапии, был разработан с использованием данных из тысяч образцов больных раком NHS, секвенированных в рамках проекта «100000 геномов». Клинический алгоритм MMRDetect позволяет выявлять опухоли с «дефектами восстановления несоответствия», а затем улучшать персонализацию методов лечения рака, чтобы использовать эти недостатки.

Исследование, проведенное учеными из отдела медицинской генетики Кембриджского университета и отдела рака MRC, выявило девять генов репарации ДНК, которые являются критически важными защитниками генома человека от повреждений, вызванных кислородом и водой, а также ошибок во время деления клеток.

Команда использовала технологию редактирования генома CRISPR-Cas9, чтобы «выключить» (вывести из строя) эти гены репарации в здоровых стволовых клетках человека. При этом они наблюдали сильные паттерны мутаций или мутационные сигнатуры, которые предлагают полезные маркеры этих генов и пути репарации, в которых они участвуют, но не работают.

Исследование, финансируемое Cancer Research UK и опубликованное сегодня в журнале Nature Cancer , предполагает, что эти признаки дефектов пути восстановления продолжаются и, следовательно, могут служить ключевыми биомаркерами в точной медицине.

Старший автор, доктор Серена Ник-Зайнал, ведущий специалист-клиницист из Великобритании в онкологическом отделении MRC Кембриджского университета, сказала: «Когда мы нокаутируем различные гены репарации ДНК, мы обнаруживаем, что своего рода отпечаток этого гена или пути стирается. Затем мы можем использовать эти отпечатки пальцев, чтобы выяснить, какие пути восстановления перестали работать в опухоли каждого человека и какие методы лечения следует использовать специально для лечения их рака ».

Новый компьютерный алгоритм MMRDetect использует мутационные сигнатуры, которые были идентифицированы в экспериментах с нокаутом, и был обучен на данных полногеномного секвенирования от пациентов с раком NHS в рамках проекта 100000 геномов, чтобы идентифицировать опухоли с “ дефицитом репарации несоответствия ”, что делает их чувствительны к ингибиторам контрольных точек, иммунотерапии. Разработав алгоритм для опухолей в этом исследовании, теперь мы планируем применить его для всех видов рака, обнаруженных Genomics England.

Этот прорыв демонстрирует ценность исследователей, работающих с проектом «100000 геномов», новаторским национальным проектом по секвенированию всего генома.

 

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *